Для обновления устанвленных модулей просто запустите стандартную для Composer команду обновления:
composer update
Если модули были разработаны и установлены корректно, то они обновятся без проблем.
Смотрите также решение возможной проблемы: «Target already exists (set extra.magento-force to override)»
Если Вы - программист и хотите иметь локально не только сам модуль, но и поддержку системы контроля версий, то используйте опцию --prefer-source:
composer update --prefer-source
В частности, если Вы устанавливаете модуль из репозитория Git, то после выполнения обновления с ключом --prefer-source внутри папки модуля будет присутствовать подпапка .git, т.е. репозиторий системы контроля версий модуля.