В Magento 1.x есть хороший класс Varien_Io_File для выполнения различных файловых операций.
В Magento 2 аналогичный класс называется \Magento\Framework\Filesystem\Io\File.
Например, для удаления папки со всем её внутренним содержимым, используйте метод
\Magento\Framework\Filesystem\Io\File::rmdirRecursive($path);
вместо метода Magento 1.x
Varien_Io_File::rmdirRecursive($path);