Причиной сообщения
Autoload error: An abstract factory could not create an instance of magentosetupconsolecommandmoduleuninstallcommand(alias: Magento\Setup\Console\Command\ModuleUninstallCommand).
в ответ на команду bin/magento setup:upgrade, скорей всего, является синтаксическая ошибка в файле composer.json.
Чтобы выяснить это наверняка в Вашем конректном случае, поставьте логирование в методе \Zend\ServiceManager\ServiceManager::createFromAbstractFactory() method.